東映アニメーションとコンテンツジャパンがAdobe Flash（FLASH）で制作、インターネットで有料公開したリメイク作品（1話あたり約15分の短編）。999にちなんで、2002年9月9日9時から全6話を有料配信した（当時の価格は1話あたり500円）。2003年には「銀河鉄道999 不滅の空間軌道」のタイトルで2巻のDVDに収録されて発売。監督はテレビシリーズの西沢信孝と新たに小坂春女が担当。主要なキャストは野沢雅子、池田昌子、肝付兼太に加えナレーターは高木均と従来の配役を踏襲し、原作者の松本零士もメーテルに命令する謎の声として特別出演。また、テレビアニメでは多少のアレンジが加えられていたのに対して、本作は原作漫画に忠実に作られている。 FLASHでリメイクした背景としては制作当時、日本の一般家庭におけるインターネット回線はISDNが多く、（当時としては）高画質なアニメーションを軽量なデータ送信で提供する事が可能と判断されたため[43]。なお当初はFLASHの特性を活かしたインタラクティブ性が取り入れられた配信が成されていたが、DVD版および現在各サイトで実施されている版ではソレは割愛され、普通の映像作品として配信されている。
